Apa itu file Protein Data Bank (PDB)? Bagaimana cara membuka dan melihatnya di Windows 11?

File bank data protein (PDB) adalah format file yang digunakan untuk menyimpan data biologis tiga dimensi. File PDB biasanya digunakan untuk menyimpan data tentang protein, asam nukleat, dan biomolekul lainnya. File PDB dapat dilihat dengan berbagai cara, termasuk melalui perangkat lunak seperti PyMOL dan VMD. Di Windows 11, Anda dapat membuka file PDB dengan membuka File Explorer, mengklik tab Lihat, lalu memilih opsi untuk menampilkan file dan folder tersembunyi. Setelah Anda melakukan ini, Anda harus dapat menemukan file PDB yang ingin Anda lihat. File PDB adalah alat penting bagi ilmuwan yang bekerja dengan biomolekul, karena memungkinkan visualisasi dan analisis data dalam tiga dimensi. Memahami cara membuka dan melihat file PDB merupakan keterampilan penting bagi siapa pun yang bekerja di bidang bioinformatika atau biologi komputasi.

File Protein Data Bank (PDB). adalah file molekul tiga dimensi yang menyimpan struktur molekul. Sekarang, jika Anda bertanya-tanya bagaimana cara membuka file semacam itu di PC, postingan ini akan menarik minat Anda. Di sini kita akan membahas file PDB secara detail dan cara melihat file tersebut di Windows 11/10. Jadi, tanpa basa-basi lagi, mari kita periksa!

Apa itu file Protein Data Bank (PDB)?

Bank Data Protein (PDB) adalah basis data data struktural 3D untuk protein, asam nukleat, dan molekul besar lainnya. Berkas dari PDB Ekstensi file pada dasarnya adalah file yang berisi data yang terkait dengan struktur molekul biologis 3D. Data tersebut mencakup koordinat atom, struktur atom, konektivitas atom, struktur protein, struktur asam nukleat, dan banyak lagi. Ini juga berisi metadata eksperimental.

Format file ini banyak digunakan dalam bioinformatika untuk bertukar koordinat protein. Ini berisi ribuan baris yang menggambarkan struktur protein. Sekarang, jika Anda ingin membaca atau melihat file PDB di PC Windows, Anda perlu menggunakan alat pihak ketiga khusus karena tidak ada aplikasi asli untuk itu. Dalam posting ini, kita akan membahas berbagai cara untuk melihat file PDB di Windows 11/10.

Bagaimana cara melihat file Protein Data Bank (PDB) di Windows 11?

Ada dua cara untuk melihat file Protein Data Bank (PDB) di Windows 11/10, yaitu:

1. Gunakan perangkat lunak gratis untuk melihat file PDB.
2. Coba alat online gratis untuk membaca file PDB.

1] Gunakan perangkat lunak gratis untuk melihat file PDB.

Anda dapat menggunakan perangkat lunak Windows pihak ketiga yang memungkinkan Anda membuka dan melihat file PDB. Ada beberapa aplikasi desktop gratis yang tersedia untuk Windows yang dapat Anda coba. Berikut adalah beberapa yang bagus yang dapat Anda gunakan:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Kumol
• Molekul
• RasMol

A] IKmol

IQmol adalah editor molekuler dan perangkat lunak visualisasi sumber terbuka dan gratis untuk Windows 11/10. Dengan menggunakannya, Anda dapat melihat PDB serta berbagai file molekul 3D lainnya seperti MOL, SMI, CUBE, XYZ, dll. Dalam perangkat lunak ini, Anda dapat menemukan semua alat visualisasi molekul penting. Alat-alat ini berkisar dari dasar hingga lanjutan. Selain melihat file PDB, Anda juga dapat mengedit struktur molekul.

Ini memungkinkan Anda untuk membuka beberapa file PDB secara bersamaan dan melihat semuanya secara bersamaan. Di panel Tampilan Model, Anda dapat mengaktifkan atau menonaktifkan rendering satu atau beberapa file PDB.

Karakteristik utama IQmol:

Fitur penampil file PDB sumber terbuka dan gratis yang dapat Anda lihat adalah:

• Anda dapat menemukan semua alat penjelajahan file standar, termasuk memperbesar/memperkecil (dengan roda mouse), menggeser, memutar, layar penuh, mengatur ulang tampilan, menampilkan sumbu, dll.
• Ini memungkinkan Anda untuk menyesuaikan tampilan model dengan mengedit parameter seperti shader, cahaya sekitar, difusi, kekuatan kabut, sorotan, intensitas kebisingan, parameter POV-Ray, dll.
• Anda juga dapat menambahkan label atom seperti massa atom, muatan parsial, NMR, kerapatan putaran, dll.
• Ini memungkinkan Anda untuk menyesuaikan pengaturan kamera sesuai keinginan Anda. Anda dapat menyesuaikan proyeksi kamera, posisi, dll.
• memiliki nyaman Rotasi otomatis sebuah fungsi yang memungkinkan Anda memutar model molekuler secara otomatis.
• Anda dapat menyimpan representasi struktur protein saat ini dalam format gambar seperti PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, dll.
• Ini juga memungkinkan Anda untuk mengonversi PDB ke file molekul lain menggunakan fitur 'Simpan Sebagai'. Format keluaran yang didukung: XYZ, MOL, MOL2, CML, dll.
• Anda juga bisa menggunakannya Perhitungan berfungsi untuk menghitung energi struktur molekul, gaya, pemindaian PES, keadaan transisi, pergeseran kimia, geometri, energi dekomposisi, koreksi BSSE, dan seterusnya.

Selain melihat fungsi, Anda mendapatkan menu Build khusus dengan serangkaian fungsi konstruksi molekuler. Fitur-fitur ini termasuk menambahkan atom baru, memasukkan molekul baru, meminimalkan struktur, mengatur isotop, dan banyak lagi.

Ini adalah perangkat lunak pemodelan molekul yang sangat bagus untuk memvisualisasikan file Protein Data Bank di PC Anda. Jika Anda suka, unduh dari sini .

Melihat: Chem4Word adalah add-in kimia untuk Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer adalah penampil file PDB gratis khusus untuk Windows 11/10. Ini memungkinkan Anda untuk memvisualisasikan dan menganalisis beberapa struktur protein secara bersamaan. Anda dapat menganalisis struktur protein, struktur DNA, dll yang terdapat dalam file PDB. Selain file PDB, ini juga memungkinkan Anda untuk membuka dan melihat file MOL dan MMCIF.

Saat Anda membuka file PDB, tampilan 3D ditampilkan pada antarmuka bersama dengan jendela panel kontrol. Panel kontrol berisi informasi umum, daftar, dan judul file. Anda dapat dengan mudah memindahkan struktur, memutarnya, memperbesar/memperkecil, dll.

Ini juga memungkinkan Anda untuk menampilkan atau menyembunyikan permukaan titik, basa, ikatan hidrogen, vektor gaya, dan lainnya sesuai dengan preferensi Anda. Anda juga dapat menyorot bagian berbeda dengan skema warna berbeda untuk menganalisis struktur dengan lebih baik. Selain itu, Anda dapat menggunakan fitur tampilan seperti Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels, dan lainnya.

Selain alat visualisasi, Anda juga mendapatkan banyak fitur pemodelan molekul. Selain itu, ia juga menampilkan perhitungan energi, perhitungan ikatan-H, analisis domain, deteksi domain, pembuatan motif 3D, bangunan simetri kristalografi, dan alat lainnya.

Anda dapat mengunduhnya dari Situs resmi .

Membaca: Perangkat lunak analisis daya gratis terbaik untuk Windows 11/10.

C] QMol

Kumol adalah penampil PDB gratis lainnya untuk Windows 11/10. Ini adalah alat visualisasi struktur makromolekul yang dapat digunakan untuk melihat file PDB. File lain yang dapat Anda buka dan lihat di dalamnya adalah DX, MAP, MTZ, CNS, dll.

Ini memungkinkan Anda untuk beralih antara tampilan perspektif dan ortografis, memutar model, memperbesar/memperkecil, dll. Anda dapat merender model menggunakan POV-Ray dan metode rendering animasinya. Struktur yang dirender dapat disimpan dalam format PNG. Alat ukur juga tersedia yang memungkinkan Anda mengukur jarak, sudut, dan puntiran pada model.

Anda juga dapat menemukan beberapa alat tambahan untuk menganalisis struktur protein lebih lanjut. Alat-alat tersebut antara lain Superposisi molekuler, pemotong permukaan mol, pembentukan permukaan mol, editor ikatan mol, analisis interaksi, animasi morf mol, dan seterusnya.

Ini adalah perangkat lunak yang bagus untuk memvisualisasikan dan menganalisis struktur protein yang ada dalam file PDB.

Melihat: Opsi .LIT # Bagaimana cara mengonversi LIT ke EPUB atau MOBI di Windows?

perangkat lunak cadangan email

D] Molekul

Perangkat lunak penampil PDB berikutnya dalam daftar ini adalah Molekel. Ini adalah perangkat lunak visualisasi molekuler yang agak tua namun kuat yang memungkinkan Anda untuk membuka dan melihat file PDB. Anda dapat menemukan banyak alat visualisasi dan analisis molekuler yang memungkinkan Anda menganalisis struktur protein.

Ini memungkinkan Anda untuk menyesuaikan tampilan molekul, atom, ikatan, residu, dll. Anda dapat memilih jenis tampilan yang berbeda untuk masing-masingnya, seperti Bola & Tongkat, CPK, Belahan Bumi, SoSphere, Bola Penuh, Silinder, SoCylinder, Semisilinder, Wire, Stick, Linear Tape, dll. Selain itu, Anda dapat menyesuaikan properti tampilan 3D, menampilkan/menyembunyikan kotak pembatas, menggunakan shader, dll. Ini memungkinkan Anda untuk melihat file PDB dengan mengubah kerapatan elektron permukaan struktur dan menambahkan permukaan yang tersedia untuk pelarut, ke struktur.

kamu dapat menemukan Animasi fungsi di dalamnya untuk memainkan animasi struktur molekul. Ini juga memiliki menu 'Analisis' khusus dengan alat yang sesuai. Dengan menggunakan alat analisis, Anda dapat menentukan data kisi, kerapatan rotasi, potensi elektrostatik molekuler, spektrum emisi, jarak, sudut, dan lainnya untuk suatu struktur.

Ini juga memungkinkan Anda untuk mengonversi file PDB ke berbagai format file. Format ini termasuk PDF, PS, EPS dan Gambar. Jika Anda menyukainya, Anda bisa mendapatkannya Di Sini .

Membaca: Aplikasi Anatomi Lengkap adalah unduhan yang layak untuk Windows. .

E] Rasmol

Anda juga dapat menggunakan RasMol untuk melihat file PDB di Windows 11/10. Ini adalah perangkat lunak gratis dan sumber terbuka yang memungkinkan Anda untuk memvisualisasikan dan menganalisis struktur molekul. Ini juga mendukung membuka dan melihat file lain seperti MOL, XYZ, CIF, MOPAC, dll.

Ini memungkinkan Anda untuk melihat struktur sebagai bingkai, lengkungan, batang, pita, untaian, dll. Anda juga dapat menyorot berbagai bagian struktur dengan warna berbeda. Ini juga memungkinkan Anda untuk menampilkan atau menyembunyikan atom hidrogen, heteroatom, bayangan, label, dll. Sesuai dengan preferensi Anda. Anda juga dapat mengukur jarak, torsi, sudut, dan nilai lainnya dalam suatu struktur.

Perangkat lunak ini tersedia Di Sini .

Melihat: Perangkat Lunak Anatomi Manusia 3D Gratis Terbaik untuk Windows.

2] Coba alat online gratis untuk membaca file PDB.

Anda juga dapat menggunakan alat online gratis untuk membuka dan melihat file PDB. Yang harus Anda lakukan adalah membuka situs web di browser web dan mengunduh file PDB untuk melihatnya. Berikut adalah beberapa pemirsa PDB online gratis yang bagus yang dapat Anda coba:

• PDB RCSB
• Molsoft

A] PDB RCSB

windows tidak dapat memulai layanan kebijakan diagnostik

Anda dapat menggunakan alat online gratis ini yang disebut RCSB PDB untuk memvisualisasikan file Protein Data Bank. Ini memungkinkan Anda untuk mengimpor file PDB dan kemudian memvisualisasikan dan menganalisis struktur molekulnya.

Anda dapat menemukan beberapa fitur visualisasi dasar seperti zoom, putar, sakelar tampilan port lanjutan, reset kamera, sakelar mode pemilihan, dll. Ini juga memungkinkan Anda untuk menyesuaikan beberapa pengaturan atau opsi kontrol seperti mode kamera (perspektif atau ortografis), warna latar belakang, pada /mati. nonaktifkan oklusi, aktifkan/nonaktifkan kabut, kliping, lokasi, dll.

Itu datang dengan Menghidupkan fungsi. Dengan ini, Anda dapat memutar struktur protein secara otomatis. Dengan ini, Anda dapat mengatur kecepatan dan sudut rotasi. Anda juga mendapatkan berdedikasi Pengukuran alat di dalamnya. Dengan menggunakan alat ini, Anda dapat mengetahui beberapa nilai seperti jarak, orientasi, sudut, dan lainnya.

Selain fitur-fitur ini, tersedia beberapa alat praktis lainnya: pencarian motif struktur, penambahan komponen, ekspor animasi, ekspor geometri (STL, OBJ, dll.) dan ekspor model.

Secara keseluruhan, ini adalah penampil PDB online gratis yang sangat bagus dengan seperangkat alat visualisasi yang hebat. Anda dapat mencoba Di Sini .

B] Molsoft

Molsoft adalah alat online lain yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan struktur PDB. Ini adalah penampil file PDB sederhana dengan fitur dasar. Pertama, buka Situs web dan klik pada opsi menu tiga jalur. Setelah itu, pilih opsi 'Buka' untuk mengimpor file PDB yang disimpan secara lokal atau mengunggah file dari Google Drive Anda. Saat Anda memilih file, itu akan menunjukkan kepada Anda struktur molekul di penampil.

Anda dapat menggunakan mode tampilan yang berbeda untuk memvisualisasikan struktur. Pandangan ini termasuk gambar rangka, creatine phosphokinase (CPK), bola dan batang, pita, dan banyak lagi. Anda dapat dengan mudah beralih di antara mode tampilan ini agar sesuai dengan kebutuhan Anda. Selain itu, ini memungkinkan Anda mengaktifkan atau menonaktifkan label atom, label residu, ikatan hidrogen, dan situs untuk pemahaman struktur yang lebih baik.

Juga menyediakan alat ukur. Anda dapat mengukur jarak, sudut rata, dan sudut putar pada model. Selain itu, Color by function tersedia, yang memungkinkan Anda untuk mewarnai struktur berdasarkan jenis atom, rantai, penjajaran, struktur sekunder, dll.

Ini adalah penampil file PDB online bagus lainnya yang dapat Anda coba secara gratis.

Bagaimana cara mengunduh file PDB dari Protein Data Bank?

Untuk mengunduh file PDB dari Bank Data Protein, Anda dapat mengunjungi situs web Bank Data Protein, masukkan dan cari nama protein atau makromolekul, seperti hemoglobin manusia, kitinase, dll. Kemudian pilih file dari hasil pencarian dan gunakan opsi unduhan untuk mengunduh file PDB. Sesimpel itu.

Bagaimana cara melihat struktur PDB?

Struktur molekuler PDB dapat dilihat menggunakan alat online khusus atau aplikasi perangkat lunak. Anda dapat mencoba perangkat lunak gratis seperti IQmol, Swiss-PdbViewer, dan CueMol untuk memvisualisasikan dan menganalisis struktur PDB di PC Anda. Jika Anda lebih suka menggunakan alat online, ada banyak pilihan. Misalnya, coba layanan web seperti RCSB PDB dan Molsoft. Ini adalah penampil file PDB online gratis yang menyediakan alat visualisasi dan analisis molekul tingkat lanjut.

Bagaimana cara mengonversi file PDB ke PDF?

Untuk mengonversi file PDB ke PDF, Anda dapat menggunakan aplikasi desktop gratis bernama Molekel. Ini memberikan opsi 'Simpan ke PDF' khusus yang memungkinkan Anda mengonversi file PDB ke format PDF. Anda dapat membuka file PDB dan kemudian klik 'File' > 'Save to PDF' untuk mengonversi PDB ke PDF. Kami telah membahas perangkat lunak ini secara rinci di posting ini, lihat di atas.

Itu saja.

Sekarang baca: Perangkat Lunak Pemodelan Molekul Gratis Terbaik untuk Windows.